晴朗時(shí)節(jié)，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團(tuán)的伙伴們一同來到京都，他們即將登上自衛(wèi)隊(duì)的宙斯盾戰(zhàn)艦，體驗(yàn)一把出海作戰(zhàn)的感覺，期間還結(jié)識(shí)了美麗又有著幾分神秘的女自衛(wèi)隊(duì)員藤井七海（柴咲幸 配音）。誰(shuí)知快樂的氛圍很快被恐慌所替代，戰(zhàn)艦上突然發(fā)現(xiàn)一條斷掉的手臂，消失的自衛(wèi)隊(duì)員又引起軍方的恐慌與猜測(cè)。原來某國(guó)神秘間諜X已悄悄登上宙斯盾，伺機(jī)盜取戰(zhàn)艦...

一天毛利小五郎收到一張請(qǐng)?zhí)锩媸侵i樣男子的委托，需要前往橫濱的一個(gè)游樂場(chǎng)。小五郎和柯南一行人快樂地到達(dá)歡樂的游樂場(chǎng)，還帶上了可以出入無阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有帶上手表的人不得離開游樂場(chǎng)，否則便會(huì)發(fā)生爆炸。從現(xiàn)在開始到晚上十點(diǎn)，柯南和小五郎如果不能解開謎題，蘭和少年偵探團(tuán)也會(huì)隨著游樂園粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接稱呼柯南為工藤新一。...